Glavni odbor je najviši organ UGS NEZAVISNOST između dva kogresa. Glavni odbor sprovodi programsku orijentaciju i utvrđenu politiku UGS NEZAVISNOST, usvaja operativni program rada, priprema i saziva Kongres, Podnosi Kongresu Izveštaj o radu, donosi pojedinačne izmene i dopune Statuta u Povelje, odlučuje o žalbama na odluke Statutarnog odbora, uređuje regionalnu strukturu, odlučuje o načinu izbora, broju i strukturi članova/ica Pokrajinskog odbora, Sekcije žena i Sekcije mladih i verifukuje izbor predsednika Pokrajinskog odbora i Sekcija, odlučuje o saradnji sa drugim sindikatima i organizacijama civilnog društva, utvrđuje platformu i stavove u odnosu na izbore i politiku Vlade, donosi finansijski plan, odlučuje o komercijalnoj delatnosti, konstituiše Izvršni odbor UGS NEZAVISNOST, bira i opoziva predsednika/cu, zamenika predsednika/ce, potpredsednike/ice, izvršnog sekretara/ku UGS NEZAVISNOST, predsednika i članove Saveta, odlučuje o prijemu i isključenju oblika organizovanja, donosi odluku o organizovanju generalnog štrajka i profesionalnom radu u UGS NEZAVISNOST. Glavni odbor čine predstavnici granskih sindikata, članovi/ice UGS NEZAVISNOST koje bira Glavni odbor na predlog predsednika/ice Glavnog odbora, predsednik/ica Saveta, predsednik/ice Pokrajinskog odbora i bez prava glasa predsednici/ice Sekcije žena i Sekcije mladih.